Les bonobos habitent dans les forêts tropicales, dans trois types d’habitat :

• Près des cours d’eau, dans les marécages : cet habitat se compose d’arbres relativement bas et le sol est meuble et boueux.
• La forêt primaire : son sol est plus ferme, et il y fait beaucoup plus sombre car les arbres y sont plus hauts et plus denses (jusqu’à plus de 50 mètres).
• La forêt secondaire : la densité en arbres est plus faible que dans la forêt primaire à cause de l’exploitation par l’homme.

La recherche de nourriture s'effectue par petits groupes, dont la composition n'est pas fixe. Le régime alimentaire est très diversifié, essentiellement végétarien, il se compose d’un vaste assortiment de plantes. Les bonobos consomment la chair des plantes qui font partie de ce que les spécialistes appellent VHT « végétation herbacée terrestre ». Ils en mangent régulièrement les pétioles ou les pousses, ce qui leur procure un apport élevé en protéines, ce qui pourrait expliquer le fait qu’ils aient peu besoin de protéines animales.

Ils leur arrivent de se nourrir d'animaux mais de petite taille, à commencer par des insectes. Ils se nourrissent également des fientes de milliers de chenilles rassemblées sur d'énormes arbres ou de vers de terre extraits de la boue.

Quelques observations montrent qu’ils mangent des reptiles, des musaraignes, des écureuils volants, des petites antilopes, et peut-être des crevettes et des poissons. Toutefois la part animale de leur régime alimentaire ne représente qu'environ 1% de leur alimentation. Pour l’essentiel la nourriture se compose de fruits mûrs, en majorité de la taille d’une figue mais certains peuvent atteindre des poids extraordinaires, de 10 à 30 kg !