Ce qui menace fortement le bonobo de disparition, c'est d'abord la déforestation de leur habitat et le commerce de viande de brousse, mais ce ne sont pas les seuls facteurs qui entrent en jeu. Actuellement, le bonobo est une espèce se trouvant sur la liste rouge des espèces menacées de l’U.I.C.N. (Union Internationale de Conservation de la Nature) ce qui le qualifie d’espèce officiellement « Menacée ». Un autre aspect le rend extrêmement fragile : son habitat. Le bonobo ne se trouve qu’en République Démocratique du Congo (ex Zaïre, Congo Belge), et plus précisément dans la Province de l'Equateur, dans la moitié nord du pays, juste sous la courbe du fleuve Congo.

La forêt de la République Démocratique du Congo est la deuxième forêt tropicale du monde par la superficie. 80 % de la surface du pays sont recouverts de forêts, ce qui représente approximativement 5 fois la superficie de la France entière. Le nombre d’habitants est de 40 millions et 40 % d'entre eux vivent dans les zones urbaines.

L’habitat des bonobos est délimité par le fleuve Congo au Nord et à l’Ouest, la rivière de Lomami à l’est, la Kasai et la Sankura au sud. La superficie est estimée à plus de 800 000 kilomètres carrés, bien qu’en fait, il se peut qu’ils n’en occupent que le quart. Les estimations numériques des populations de bonobos en RDC sont peu fiables. Les premières estimations comptaient 100 000 individus, mais des estimations plus récentes indiquent que la population serait comprise entre 10 000 et 25 000 individus.